После смерти короля Эрафии Николаса Сердце Грифона его дочь Кэтрин, правящая королева Энрота, отправилась на родину для участия в похоронах отца. По пути в Эрафию энротский флот после стычки с пиратами Регны освободил несколько рабов, которые рассказали о беспорядках, творящихся в Эрафии. Высадка подтвердила худшие опасения — в стране развернулась широкомасштабная война. Объединённые силы вражеских королевств чернокнижников Нихона и демонов Эофола вторглись на территорию Эрафии, захватив её столицу Стедвик и пленив рыцаря-регента Моргана Кендалла. На западных границах Эрафии сопредельные королевства Таталии и Крюлода затеяли войну между собой, попутно разграбляя пограничные эрафийские поселения.

Войска королевы Кэтрин, успешно высадившись на побережье, сумели быстро снять осаду с города Белое Перо и заключить союз с ангелами. Это позволило им пройти далее вглубь Эрафии и отбить у врага гнездовья грифонов, которые являлись важным компонентом военной мощи эрафийской армии.

Заключив союз с королём Элдрихом Парсоном, правителем эльфийских земель Ав’Ли, и верховным визирем страны мудрецов Бракады Гэвином Магнусом, Кэтрин сумела отбить столицу страны Стедвик и освободить Моргана Кендалла. Тогда же стало ясно, что смерть короля Николаса не была естественной — он был отравлен. Однако расследование, предпринятое Морганом Кендаллом до падения Стедвика, оказалось безрезультатным.

Силы союзников-эльфов успешно атаковали демонов Эофола, надеясь освободить пленённого ими Роланда, мужа Кэтрин и короля Энрота. Замок Крилах, где он якобы находился, был взят, но сведения о наличии там Роланда оказались дезинформацией. Король Роланд содержался в колонии Зод в Эофоле и был освобождён четвёркой героев уже после окончания войны за Возрождение Эрафии (это описано в игре Меч и Магия VII). Тем временем, войска мудрецов Бракады вмешались в вооружённые стычки Таталии и Крюлода, восстановив статус-кво на западной эрафийской границе. После всех этих побед по чернокнижникам Нихона был нанесён удар соединённых сил Эрафии, Ав’Ли и Бракады, который закончился полной победой альянса и выводом Нихона из войны.

Однако все эти сражения оставили большое количество павших бойцов со всех участвовавших в войне сторон. Это входило в заранее разработанный план некроманта Сандро и его марионетки — Финнеаса Вилмара, короля страны некромантов Дейи (этот замысел составляет сюжетную линию аддона-приквела «Дыхание смерти»). Незадолго до войны Финнеас Вилмар вышел из-под контроля Сандро, заточив последнего в тюрьму, и создал из трупов павших большую армию нежити. Однако Финнеас опасался войск Эрафии под командованием Кэтрин и решил сделать себе опытного главнокомандующего из покойного короля Николаса Сердце Грифона. Армия нежити успешно захватила гробницу монарха Эрафии и принадлежности для ритуала реанимации; но при его проведении «воскрешённый» в виде лича Николас Сердце Грифона убил Финнеаса Вилмара и захватил полную власть в Дейе. Под его командованием армия нежити успешно захватила большую часть территории Эрафии и освободила Сандро, но сами некроманты стали сильно опасаться такого яростного и неуправляемого правителя.

Для его свержения к Кэтрин был послан некромант Нимбус, рассказавший всю правду о убийстве Николаса Сердце Грифона. Соединённые войска Эрафии, Ав’Ли, Бракады и недовольных королём-личом некромантов сумели одержать верх в борьбе. Кэтрин вместе с рыцарем лордом Хаартом пробилась в некрополь к своему отцу-нежити и там объявила, что именно лорд Хаарт отравил Николаса Сердце Грифона. Король-лич убил лорда Хаарта, а затем Кэтрин прочитала заклятие, разрушающее связь души её отца с останками лича. Душа Николаса Сердце Грифона была освобождена и война за возрождение Эрафии была закончена.

После её завершения группа недовольных людей и эльфов попыталась организовать своё независимое государство между Ав’Ли и Эрафией, но эта попытка была жестоко подавлена королевой Кэтрин и королём Парсоном (сюжет скрытой бонусной кампании).

В отличие от «Возрождения Эрафии» и второго дополнения, «Дыхание Смерти», «Клинок Армагеддона» содержит шесть кампаний, не связанных общей сюжетной линией, но происходящих на том же континенте Антагариче мира Энрот. События пяти кампаний развиваются приблизительно в одно и то же время после событий игры «Меч и Магия VIII» (которая, в свою очередь, продолжает историю «Возрождения Эрафии»), в разных странах континента — Эрафии, Нигоне, Бракаде, Крюлоде и Таталии. Сюжет шестой, бонусной кампании, предшествует «Возрождению Эрафии» и рассказывает о том, как персонаж «Героев III» — рыцарь Кристиан — необычным образом попал в Антагарич.

Сюжет «Дыхания Смерти» раскрыт в семи кампаниях, которые являются приквелом к «Возрождению Эрафии» и «Клинку Армагедона». Рассказана история четырёх героев, противостоящих некроманту Сандро и его плану завоевать весь континент Антагарич.