12-летний Крис Торндайк жил довольно скучной и неинтересной жизнью. Но однажды Крис вытаскивает из бассейна синего говорящего ежа по имени Соник. Выясняется, что Соник прибыл на Землю из другого, параллельного нашему мира в результате возникновения Хаос-Контроля (яп. カオスコンツロール Каосу Концуро:ру?, англ. Chaos Control). Вместе с Соником и его друзьями — лисёнком Тейлзом, ежихой Эми, ехидной Наклзом — Крис отправляется на поиски Изумрудов Хаоса (яп. カオスエメラルド Каосу Эмэрарудо?, англ. Chaos Emeralds), чтобы остановить злодея Доктора Роботника (Эггмана) и помочь своим новым друзьям вернуться домой. После финальной битвы с Эггманом (конец 1-го сезона) все изумруды были собраны вместе, Соник перешёл в свою супер форму и Эггман был побеждён. Образовавшийся при встрече изумрудов Центр Хаоса однако не отправил Соника и его друзей обратно домой, а, напротив, переместил в мир Криса целый кусок планеты Соника — Мистические руины.
В начале 2-го сезона Эггман разбивает Главный Изумруд и выпускает из него Хаос — духа разрушений. Эггман подчиняет Хаос себе и вместе с ним начинает охоту на изумруды Хаоса и Соника. С каждым проглоченным изумрудом Хаос становился сильней. Когда Хаос получил все 7 камней, он стал непобедимым и решил избавиться от Эггмана чтобы использовать силу изумрудов для своих целей. После победы над Хаосом возникает новая интрига вокруг проекта «Тень». Проектом заинтересованы все — правительство, Соник с друзьями и даже сам Эггман, который взламывает государственную сеть компьютеров и оттуда получает файл с информацией по проекту «Тень». Чуть позже Эггман отправляется на Тюремный остров и обнаруживает там криогенную капсулу. Оказывается, что проект «Тень» — на самом деле ёж Шэдоу — Совершенная Форма Жизни, созданная дедушкой Эггмана, Джеральдом Роботником. Эггман выводит Шэдоу из состояния приостановленной жизнедеятельности, в котором он провел 50 лет, и далее Шэдоу служит Эггману до момента сражения на космической колонии АРК против прототипа Совершенного Существа — Биолизарда. Затем, после схватки с Биолизардом, Шэдоу истрачивает все свои силы и исчезает. Соник с друзьями возвращаются домой и продолжают бороться с Эггманом до конца 2-го сезона, когда раскрывается, что из-за Хаос-Контроля, перенесшего Соника и его друзей в мир Криса, линии времени на Земле и её двойнике — родном мире Соника — начинают сливаться, и Соника с друзьями приходится отправить обратно домой.
В 3-м сезоне Сонику предстоит война со зловещими Метарексами — могучими киборгами, похищающими Яйца Планет и несущими гибель всей вселенной. В битве с их предводителем — Дарк Оуком (яп. ダークオーク Да:ку О:ку?, англ. Dark Oak) Соник выбрасывает Изумруды Хаоса в космос. В то же время происходят два невероятных события: появление в мире Соника Криса и инопланетянки по имени Космо. Используя корабль, построенный Тейлзом, «Голубой Тайфун», Соник и его друзья отправляются в интересное путешествие по космосу. Их задача — найти Изумруды Хаоса и не дать Метарексам захватить вселенную.

Ёж Соник (яп. ソニック・ザ・ヘッジホッグ Соникку дза Хэдзихоггу?, англ. Sonic the Hedgehog) — главный герой. Возраст: 15 лет. Синий ёж с зелёными глазами, обутый в красные кеды, застегивающиеся белым ремнем с позолоченной пряжкой. Обладает способностью передвигаться на сверхзвуковой скорости.
Соник дружелюбен, приветлив и честен. Он легко заводит друзей. Свободолюбивый и слегка безрассудный, он предпочитает проводить свое время, путешествуя по миру в поисках приключений. Его довольно трудно заставить делать то, что он не хочет (порою практически невозможно). Соник не любит воду, так как он не умеет плавать, а также недолюбливает замкнутые пространства (в японской версии это доходило вплоть до приступа клаустрофобии).
Хотя Соник и производит впечатление легкомысленного мальчишки, в момент кризиса он способен полностью сосредотачиваться на поставленной перед ним задаче. В бою он полагается в основном на свою скорость, с которой может тягаться редкий противник. Соник также может управлять энергией Изумрудов Хаоса; при наличии всех семи он превращается в Супер Соника, способного летать, телепортироваться и исцелять прикосновением.

Ехидна Наклз (яп. ナックルズ・ザ・エキドゥナ Наккурудзу дза Экидона?, англ. Knuckles the Echidna) — единственный страж Главного Изумруда. Возраст: 16 лет. Красный ехидна с фиолетовыми глазами и массивными кулаками.
Наклз упрям, и большинство проблем привык решать дракой. Считает охрану Главного Изумруда целью всей своей жизни. Он подчёркнуто редко контактирует с командой Соника, но, тем не менее, всегда приходит им на помощь. Из-за этого он довольно редко появлялся в 1 сезоне, но в ходе сериала его роль увеличивалась. Хотя они с Соником — извечные соперники, Наклз признает, что у Соника «получается быть героем лучше», чем у него. Очень доверчив, на протяжении всего сериала был неоднократно обманут доктором Эггманом. Однако, он всегда готов простить и спасти жизнь любого, даже если это жизнь противника.

Майлз «Тейлз» Прауэр (яп. マイルス「テイルス」パウアー Майрусу Тэйрусу Пауа:?, англ. Miles «Tails» Prower) — лучший друг Соника. Возраст: 8 лет. Рыжий голубоглазый лисёнок с двумя хвостами, с помощью которых он умеет летать, но в первом сезоне пользовался этим крайне редко.
Тейлз — скромный, робкий и стеснительный гений. Он талантливый механик (создал самолёты «Торнадо Икс» и «Гиперторнадо», на которых часто летал с Соником), любит науку и технику. Вначале Тейлз довольно неуверен в себе, но позже он становится отважнее и проявляет лидерские качества, в 3-м сезоне став капитаном космического корабля «Голубой Тайфун». Он полюбил инопланетянку Космо, однако их отношения закончились трагедией.

Эми Роуз (яп. エミー・ローズ Эми: Ро:дзу?, англ. Amy Rose) — «самопровозглашенная» подружка Соника. Возраст: 12 лет. Розовая ежиха с зелёными глазами, одета в красное платье и красные с белым сапожки. На руках — золотые браслеты. Колючки собраны красным ободком.
Атакует с помощью Piko Piko Hammer (Пико Пико Молот). Кроме Соника, Эми дружит с Теилзом и Крим, к которой относится как к младшей сестре. Мечтательная и заботливая, она готова хоть вечность преследовать свою цель: завоевать сердце Соника.

Ёж Шэдоу (яп. シャドウ・ザ・ヘッジホッグ Сядо: дза Хэдзихоггу?, англ. Shadow the Hedgehog) — совершенная форма жизни. Возраст: биологически соответствует 15 годам. Чёрный ёж с красными полосами на иглах, руках и ногах. Глаза красные. Экипирован золотыми браслетами, служащими ограничителями его силы, и массивными реактивными ботинками.
Шедоу — создание родного дедушки доктора Эггмана, Джеральда Роботника. Единственный друг Шэдоу — внучка Джеральда Роботника, Мария, погибла, но перед смертью она успела спасти Шэдоу, отправив его на Землю в криогенной капсуле. Пробудившись от своего 50-тилетнего сна, ёж не помнил ничего, кроме того, как погибла Мария. С тех пор он одержим единственной идеей — исполнить «последнюю волю» девочки и отомстить всему человечеству.

Летучая мышь Руж (яп. ルージュ・ザ・バット Ру:дзю дза Батто?, англ. Rouge the Bat) — воровка и охотница за сокровищами. Возраст: 18 лет. Белая летучая мышь с зелёно-голубыми глазами. Одета в облегающий чёрный костюм с узорами из сердец.
Во время пребывания на Земле была вынуждена работать на правительство, чтобы не быть осужденной за кражу драгоценностей из музея. Позже стала напарницей агента GUN Топаз. В 3-м сезоне выполняла миссию вместе с Шэдоу. Неоднократно пыталась украсть у Наклза Мастер Изумруд, что приводило даже к дракам, хотя ближе к концу 2-го сезона их отношения налаживаются и становятся довольно-таки романтичными.

Доктор Эггман (яп. Ｄｒ．エッグマン Докута: Эггуман?, англ. Doctor Eggman) — злодей и главный враг Соника. Его прозвище переводится как «Человек-яйцо», которое он получил из-за фигуры. Цель его жизни — захватить мир. В третьем сезоне Эггман помогал Сонику в борьбе с Метарексами. Пытался захватить мир при помощи Хаоса, бога разрушений. Но тот, достигший формы Идеального Хаоса решил избавиться от хозяина. Эггман очень эрудирован — его IQ равен 300 баллам.

Кристофер «Крис» Торндайк (яп. クリストファー「クリス」ソーンダイク Курисутофа: «Курису» Со:ндайку?, англ. Christopher «Chris» Thorndyke) — возраст: 12 лет в 1-2 сезонах, 18 лет — в 3 сезоне (хотя биологический возраст в связи с ошибкой в устройстве телепорта соответствует 12-ти годам). Мальчик с рыжевато-каштановыми волосами и синими глазами. Обычно носит костюм, отдаленно напоминающий футбольную форму.
До встречи с Соником жил очень одиноко, так как у его родителей не было времени на его воспитание. В первом эпизоде спасает тонущего в бассейне Соника и в дальнейшем регулярно участвует в приключениях ежа и его друзей. Очень привязан к Сонику и относится к нему, как к родному брату. Также дружен с Тейлзом и Эми, испытывал дружеские чувства к Шедоу. Ему было особенно нелегко прощаться с командой Соника.